Environmental Dynamics and Global Climate ChangeEnvironmental Dynamics and Global Climate ChangeEnvironmental Dynamics and Global Climate Change2218-44222541-9307Yugra State University708010.17816/edgcc8246-56Theoretical worksТеоретические работыReview ArticleBiodiversity informatics: global trends, national perspective and regional progress in Khanty-Mansi Autonomous OkrugИнформатика биоразнообразия: мировые тенденции, состояние дел в России и развитие направления в Ханты-Мансийском Автономном Округеhttps://orcid.org/0000-0002-9506-09916117-6197FilippovaNina V.ФилипповаНина Владимировна
Russian Federation
filippova.courlee.nina@gmail.comFilippovIlya V.ФилипповИлья Владимирович
Russian Federation
fillip.83.pov@yandex.ruSchigelDmitry S.ЩигельДмитрий Сергеевич
Denmark
dschigel@gbif.orgIvanovaNatalia V.ИвановаНаталья Владимировна
Russian Federation
Natalya.dryomys@gmail.comShashkovMaxim P.ШашковМаксим Петрович
Russian Federation
max.carabus@gmail.comYugra State UniversityЮгорский государственный университетGlobal Biodiversity Information Facility, SecretariatInstitute of Mathematical Problems of BiologyИнститут математических проблем биологии РАН - филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАНInstitute of Physicochemical and Biological Problems in Soil ScienceИнститут физико-химических и биологических проблем почвоведения РАН171120178246561110201711102017Copyright ©; 2017, Filippova N.V., Filippov I.V., Schigel D.S., Ivanova N.V., Shashkov M.P.Copyright ©; 2017, Филиппова Н.В., Филиппов И.В., Щигель Д.С., Иванова Н.В., Шашков М.П.2017Filippova N.V., Filippov I.V., Schigel D.S., Ivanova N.V., Shashkov M.P.Филиппова Н.В., Филиппов И.В., Щигель Д.С., Иванова Н.В., Шашков М.П.http://creativecommons.org/licenses/by-nd/4.0https://edgccjournal.org/EDGCC/article/view/7080

This paper briefly summarizes the history and the contemporary trends in biodiversity informatics, as well as the standards used for biodiversity databases construction. We provide the examples of modern global and local projects on data integration in biodiversity in Russia and worldwide. Finally we discuss the developing of the regional system in the Khanty-Mansi autonomous region - Yugra, where biological collections hasn’t been digitized and their data hasn’t been shared through global repositories such as GBIF until recently.

В публикации мы делаем краткий обзор истории и современных направлений Информатики биоразнообразия, а также стандартов, используемых для организации баз данных о биологическом разнообразии. Затем приводим примеры современных глобальных и локальных проектов по интеграции данных о биологическом разнообразии в мире и в России. В заключительной части публикации обсуждается вопрос организации региональной системы в Ханты-Мансийском автономном округе – Югре, где до сих пор биологические коллекции не оцифрованы и их данные не интегрируются в глобальные депозитарии.

информационные системыбазы данныхбиологическое разнообразиебиологические коллекцииGBIFinformation systemsdata basesbiodiversitybiological collectionsGBIF1. Berendsohn W., Güntsch A., Röpert D. Survey of existing publicly distributed collection management and data capture software solutions used by the world’s natural history collections. GBIF. 2003. 44 p.2. Berendsohn W.F., Geoffroy M. Networking taxonomic concepts - uniting without 'Unitary-ism' // Biodiversity databases : techniques, politics, and applications. Boca Raton, London, New York: CRC Press, 2007. P. 13-22.3. Berendsohn W.G., Rissone A. (Eds) Taxonomic databases working group, 2005 annual meeting 11-18 september 2005, St.Petersburg, Russia: abstracts. SPb, 2005. 42 p.4. Canhos, V.P., Souza, S., Giovanni, R., Canhos, D.A.L. Global biodiversity informatics: setting the scene for a “new world” of ecological modeling // Biodiversity Informatics. 2004. V. 1. P. 1-13.5. Cardinale B.J., Duffy J.E., Gonzalez A., Hooper D.U., Perrings C., Venail P., Narwani A., Mace G.M., Tilman D., Wardle D.A., Kinzig A.P. 2012. Biodiversity loss and its impact on humanity // Nature. V. 486. No. 7401. P. 59-67.6. Chadin I., Dalke I., Zakhozhiy I., Malyshev R., Madi E., Kuzivanova O., Kirillov D., Elsakov V. Distribution of the invasive plant species Heracleum sosnowskyi Manden. in the Komi Republic (Russia) // PhytoKeys. 2017. V. 77. P. 71-80. doi:10.3897/phytokeys.77.111867. Egloff W., Agosti D., Kishor P., Patterson D., Miller J.A. Copyright and the Use of Images as Biodiversity Data // Research Ideas and Outcomes. 2016. V. 3. P. e12502. doi: https://doi.org/10.1101/0870158. Filippova N.V., Bulyonkova T.M., Karpov D.V., Lapshina E.D. 2017. Fungarium of Yugra state university and its database // Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях». Апатиты, Мурманская область 28-31 марта 2017 г.: Тезисы докладов. С. 137-142.9. Ivanova N.V., Shashkov M.P. 2017. Biodiversity Databases in Russia: Towards a National Portal // Arctic Science. doi: 10.1139/AS-2016-005010. Lane M.A., Edwards J.L. 2007. The Global Biodiversity Information Facility (GBIF) // Biodiversity databases : techniques, politics, and applications. Boca Raton, London, New York: CRC Press. P. 1-4.11. Los W., Hof C.H.J. 2007. The European Network for Biodiversity Information // Biodiversity databases: techniques, politics, and applications. Boca Raton, London, New York: CRC Press. P. 5-12.12. Muller M.R. 2004. An Analysis of the Implications of Intellectual Property Rights (IPR) on the Global Biodiversity Information Facility (GBIF). GBIF. 43 p.13. Pauls S.U., Nowak C., Bálint M., Pfenninger M. 2013. The impact of global climate change on genetic diversity within populations and species // Molecular Ecology. V. 22. No 4. P. 925-946.14. Penev L., Mietchen D., Chavan V., Hagedorn G., Smith V., Shotton D., Tuama É.Ó., Senderov V., Georgiev T., Stoev P., Groom Q., Remsen D., Edmunds S. 2017. Strategies and guidelines for scholarly publishing of biodiversity data // Research Ideas and Outcomes. V. 3. P. e12431. doi:10.3897/rio.3.e1243115. Robertson T., Döring M., Guralnick R., Bloom D., Wieczorek J., Braak K., Otegui J., Russell L., Desmet, P. 2014. The GBIF Integrated Publishing Toolkit: Facilitating the Efficient Publishing of Biodiversity Data on the Internet // PLoS ONE. V. 9. № 8. P. e102623.16. Wieczorek J., Bloom D., Guralnick R., Blum S., Döring M., Giovanni R., Robertson T., Vieglais D. 2012. Darwin Core: An Evolving Community-Developed Biodiversity Data Standard // PLoS ONE. V. 7 (1). P. e29715. doi:10.1371/journal.pone.002971517. Алимов А.Ф. (под ред.) 2003. Информационные системы по биоразнообразию видов и экосистем: международный симпозиум, 1-4 Декабря 2003, Зоологический институт РАН, Санкт-Петербург, Россия: научная программа и тезисы докладов. СПб. 116 с.18. Белогай О.И., Скучас Ю.В. (под ред.) 2016. Биологические коллекции Югры: сбор, фиксация, хранение, введение в научный оборот. Материалы научно-методического семинара в Музее Природы и Человека. 150 с.19. Большаков С.Ю., Филиппова Н.В., Потапов К.О., Агеев Д.В., Волобуев С.В. 2017. Google Spreadsheets как базовый инструмент для управления данным о биоразнообразии // Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях». Апатиты, Мурманская область 28-31 марта 2017 г.: Тезисы докладов. Апатиты. С. 21-23.20. Боровичев Е.А., Давыдов Д.А., Королева Н.Е. (под ред.) 2017. Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях». Апатиты, Мурманская область 28-31 марта 2017 г.: Тезисы докладов. Апатиты. 148 c.21. Верхозина А.В., Фёдоров Р.К. 2017. Развитие информационно-аналитической системы по фиторазнообразию Байкальской Сибири // Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях». Апатиты, Мурманская область 28-31 марта 2017 г.: Тезисы докладов. Апатиты. С. 26-28.22. Гельтман Д.В., Росков Ю.Р. (под ред.) 1997. Компьютерные базы данных в ботанических исследованиях : сб. науч. тр. С-Петербург: Ботанический институт РАН. 113 с.23. Давыдов Д.А., Мелехин А.В., Константинова Н.А., Боровичев Е.А. 2017. Возможности информационной системы Cryptogamic Russian Information System // Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях». Апатиты, Мурманская область 28-31 марта 2017 г.: Тезисы докладов. Апатиты. С. 32-33.24. Иванова Н.В., Шашков М.П. 2017. Информационная система о распространении охраняемого лишайника Lobaria pulmonaria на основе стандартов GBIF // Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях». Апатиты, Мурманская область 28-31 марта 2017 г.: Тезисы докладов. Апатиты. С. 48-49.25. Иванова Н.В., Шашков М.П. 2014. Перспективы создания открытого всероссийского информационного ресурса по биоразнообразию на основе международного стандарта GBIF // Математическая биология и биоинформатика. Т. 9. С. 396-405.26. Иванова Н.В., Шашков М.П., Щигель Д.С. 2016. Глобальная информационная система по биоразнообразию GBIF: перспективы развития в России // Современные концепции экологии биосистем и их роль в решении проблем сохранения природы и природопользования: материалы всерос. (с междунар. участием) науч. шк.-конф., посвящ. 115-летию со дня рождения А.А. Уранова (Г. Пенза, 10-14 Мая 2016 Г.). Пенза: Изд-во ПГУ. C. 368-369.27. Иванова, Н.В., Шашков, М.П. 2015. Использование обменного формата Darwin Core для создания web-ориентированной геоинформационной системы по распространению редких видов, совместимых с международной базой GBIF // Материалы четвертой национальной научной конференции с международным участием «Математическое моделирование в экологии» 18-22 Мая 2015, Пущино. С. 82-83.28. Мелехин А.В. 2017. CRIS как рабочая модель межрегиональной информационной системы для криптогамных ботаников // Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях». Апатиты, Мурманская область 28-31 марта 2017 г.: Тезисы докладов. Апатиты. С. 88-90.29. Мелехин А.В., Давыдов Д.А., Шалыгин С.С., Боровичев Е.А. 2013. Общедоступная информационная система по Биоразнообразию цианопрокариот и лишайников CRIS (Cryptogamic Russian Information System) // Бюл. Моск. о-¬ва испытателей природы. Отд. Биол. Т. 118. Вып. 6. С. 51-¬56.30. Павлов Д.С., Дгебуадзе Ю.Ю., Петросян В.Г. (под ред.) 2006. Информационные системы и WEB-Порталы по разнообразию видов и экосистем. Материалы международного симпозиума. М.: Т-во научных изданий КМК. 261 с.31. Рысс А.Ю., Минтер Д. (под ред.) 2001. Информационные и телекоммуникационные ресурсы в зоологии и ботанике. Тезисы 2-го международного симпозиума. СПб.32. Рысс А.Ю., Смирнов И.С. (под ред.) 1999. Информационно-поисковые системы в зоологии и ботанике. Труды Зоологического института РАН. Т. 287.33. Смирнов И.С., Лобанов А.Л., Пугачев О.Н. Гельтман Д.В. (под ред.) 2006. К истории совещаний по биологическим (зоологическим и ботаническим) базам данных и информационно поисковым системам в СССР и России // Информационные системы и WEB-Порталы по разнообразию видов и экосистем. Материалы международного симпозиума / Павлов Д.С. др. (под ред.). М.: Т-во научных изданий КМК. С. 18-19.34. Степаньянц С.Д., Лобанов А.Л., Дианов М.Б. (под ред.) 1997. Базы данных и компьютерная графика в зоологических исследованиях. Труды Зоологического института РАН. Т. 269.35. Тетерюк Л.В., Чадин И.Ф., Федорова Е.В., Мади Е.Г., Кирпичев А.Н., Оплеснина Н.А. 2017. Электронный каталог и БД Гербария института биологии Коми НЦ УРО РАН (SYKO) // Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях». Апатиты, Мурманская область 28-31 марта 2017 г.: Тезисы докладов. Апатиты. С. 119-120.36. Филиппов И.В. 2012. Итоговый отчет по договору № 038-2012: «Информационная система по объектам животного и растительного мира Ханты-Мансийского автономного округа». Москва. 31 с.37. Чадин И.Ф., Далькэ И.В., Захожий И.Г., Малышева Р.В., Мади Е.Г., Кузиванова О.А., Кириллов Д.В., Елсаков В.В. 2017. Информационная система «Распространение инвазивных видов растений»: опыт сбора данных о распространении борщевика сосновского (Heracleum sosnowskyi) и их публикации в GBIF // Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях». Апатиты, Мурманская область 28-31 марта 2017 г.: Тезисы докладов. Апатиты. С. 127-128.38. Шашков М.П., Иванова Н.В. 2017. Российские данные в глобальной информационной системе по биоразнообразию - GBIF // Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях». Апатиты, Мурманская область 28-31 марта 2017 г.: Тезисы докладов. Апатиты. С. 132-133.39. Шмаков А.И., Смирнов С.В., Яковлев Р.В., Ваганов А.В. 2009. Формирование баз данных по биоразнообразию - опыт, проблемы, решения: материалы Международной научно-практической конференции (Барнаул, 13-15 мая 2009 г.). Барнаул: Изд-во «ARТИКА». 284 с.