Использование проточной цитофлуориметрии для оценки жизнеспособности мутантов по факторам терминации трансляции дрожжей Saccharomyces cerevisiae

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Нонсенс-мутации в жизненно важных генах SUP45 и SUP35, кодирующих факторы терминации трансляции, влияют на жизнеспособность клеток Saccharomyces cerevisiae. С помощью метода проточной цитофлуориметрии мы показали, что жизнеспособность мутантов по сравнению со штаммами дикого типа снижается в 3.5‒4 раза. Кроме того, мы обнаружили повышенную чувствительность мутантных клеток к ультразвуковому воздействию.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Е. П. Ефремова

Санкт-Петербургский государственный университет

Email: g.zhuravleva@spbu.ru
Россия, Санкт-Петербург, 199034

О. М. Землянко

Санкт-Петербургский государственный университет; Лаборатория амилоидов СПбГУ

Email: g.zhuravleva@spbu.ru
Россия, Санкт-Петербург, 199034; Санкт-Петербург, 199034

Г. А. Журавлева

Санкт-Петербургский государственный университет; Лаборатория амилоидов СПбГУ

Автор, ответственный за переписку.
Email: g.zhuravleva@spbu.ru
Россия, Санкт-Петербург, 199034; Санкт-Петербург, 199034

Список литературы

  1. Журавлева Г.А., Бондарев С.А., Землянко О.М., Москаленко С.Е. Роль белков, взаимодействующих с факторами терминации трансляции eRF1 и eRF3, в регуляции трансляции и прионизации // Мол. биология. 2022. Т. 56. С. 206–226.
  2. https://doi.org/10.31857/S002689842201013X
  3. Alexandrov A., Grosfeld E., Mitkevich O., Bidyuk V., Nostaeva A., Kukhtevich I., Schneider R., et al. Systematic identification of yeast mutants with increased rates of cell death reveals rapid stochastic necrosis associated with cell division // bioRxiv. 2021.
  4. https://doi.org/10.1101/2021.10.20.465133
  5. Barbitoff Y., Matveenko A., Matiiv A., Maksiutenko E., Moskalenko S., Drozdova P., Polev D., Beliavskaia A., Danilov L., Predeus A., Zhouravleva G. Chromosome-level genome assembly and structural variant analysis of two laboratory yeast strains from the Peterhof Genetic Collection lineage // G3: Genes, Genomes, Genetics (Bethesda). 2021. V. 11.
  6. https://doi.org/10.1093/g3journal/jkab029
  7. Chabelskaya S., Kiktev D., Inge-Vechtomov S., Philippe M., Zhouravleva G. Nonsense mutations in the essential gene SUP35 of Saccharomyces cerevisiae are non-lethal // Mol. Genet. Genoms. 2004. V. 272. P. 297–307. https://doi.org/10.1007/s00438-004-1053-1
  8. Davey H., Guyot S. Estimation of microbial viability using flow cytometry // Curr. Protoc. Cytom. 2020. V. 93. Art. e72. https://doi.org/10.1002/cpcy.72
  9. Gietz R., Schiestl R., Willems A., Woods R. Studies on the transformation of intact yeast cells by the LiAc/SS-DNA/PEG procedure // Yeast. 1995. V. 11. P. 355‒360. https://doi.org/10.1002/yea.320110408
  10. Inge-Vechtomov S., Zhouravleva G., Philippe M. Eukaryotic release factors (eRFs) history // Biol. Cell. 2003. V. 95. P. 195–209.
  11. https://doi.org/10.1016/s0248-4900(03)00035-2
  12. Kaiser C., Michaelis S., Mitchell A. Spring Harbor laboratory course manual. NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1994. 234 p.
  13. Kwolek-Mirek M., Zadrag-Tecza R. Comparison of methods used for assessing the viability and vitality of yeast cells // FEMS Yeast Res. 2014. V. 14. P. 1068–1079.
  14. https://doi.org/10.1111/1567-1364.12202
  15. Maksiutenko E., Barbitoff Y., Matveenko A., Moskalenko S., Zhouravleva G. Gene amplification as a mechanism of yeast adaptation to nonsense mutations in release factor genes // Genes (Basel). 2021. V. 12. Art. 2019. https://doi.org/10.3390/genes12122019
  16. Merritt G., Naemi W., Mugnier P., Webb H., Tuite M., von der Haar T. Decoding accuracy in eRF1 mutants and its correlation with pleiotropic quantitative traits in yeast // Nucl. Acids Res. 2010. V. 38. P. 5479–5492.
  17. https://doi.org/10.1093/nar/gkq338
  18. Moskalenko S., Chabelskaya S., Philippe M., Inge-Vechtomov S., Zhouravleva G. Viable nonsense mutants for the essential gene SUP45 of Saccharomyces cerevisiae // BMC Mol. Biol. 2003. V. 4.
  19. https://doi.org/10.1186/1471-2199-4-2
  20. RStudio Team (2020). RStudio: Integrated Development for R. RStudio, PBC, Boston, MA.
  21. URL: http://www.rstudio.com/
  22. Sambrook J., Fritsch E., Maniatis T. Molecular cloning: a laboratory manual // 2nd edn. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. 1659 p.
  23. Valouev I., Kushnirov V., Ter-Avanesyan M. Yeast polypeptide chain release factors eRF1 and eRF3 are involved in cytoskeleton organization and cell cycle regulation // Cell Motil. Cytoskeleton. 2002. V. 52. P. 161–173. https://doi.org/10.1002/cm.10040
  24. Volkov K., Aksenova A., Soom M., Osipov K., Svitin A., Kurischko C., Shkundina I., Ter-Avanesyan M., Inge-Vechtomov S., Mironova L. Novel non-mendelian determinant involved in the control of translation accuracy in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. 2002. V. 160. Р. 25‒36.
  25. https://doi.org/10.1093/genetics/160.1.25
  26. Zhouravleva G., Frolova L., Le Goff X., Le Guellec R., Inge-Vechtomov S., Kisselev L., Philippe M. Termination of translation in eukaryotes is governed by two interacting polypeptide chain release factors, eRF1 and eRF3 // EMBO J. 1995. V. 14. P. 4065–4072.
  27. https://doi.org/.1002/j.1460-2075.1995.tb00078.x

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Мутации в генах SUP45 и SUP35 приводят к снижению жизнеспособности. Представлены данные проточной цитофлуориметрии (популяции одиночных клеток) для клонов, несущих аллели SUP45 (панель А) или SUP35 (панель Б). FSC-A — параметр прямого светорассеяния по площади. FL3-A::PI-A — флуоресцентный канал детекции (610/20 нм), регистрирующий интенсивность флуоресцентного сигнала (в данном случае — пропидий йодида) по площади.

Скачать (318KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024